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causalBETA:一个用于事件时间结局贝叶斯半参数因果推断的 R 包

统计方法学 2023-10-23 v2 应用统计

摘要

观察性研究常用于估计处理或暴露对事件时间结局的因果效应。由于观察性研究中处理未随机化,需要调整混杂的因果推断技术。贝叶斯因果推断方法因其提供以下优势而备受青睐:1)先验平滑对因果效应估计提供有用的正则化;2)对误设定具有鲁棒性的灵活模型;3)因果估计量的完整推断(即点估计与不确定性估计)。然而,贝叶斯因果推断难以手动实现,且缺乏用户友好的软件,这对广泛应用构成了重大障碍。我们通过开发 causalBETA(Bayesian Event Time Analysis,贝叶斯事件时间分析)——一个使用贝叶斯半参数模型估计事件时间结局因果效应的开源 R 包——来弥补这一差距。该包为用户提供熟悉的前端,其语法与 survival 等现有生存分析 R 包相同。同时,它后端连接 Stan——一个流行的贝叶斯建模与高性能统计计算平台——以进行高效的后验计算。为改善用户体验,该包使用定制的 S3 类对象和方法构建,以便使用 plot() 和 summary() 等熟悉的泛型函数促进结果的可视化与汇总。在本文中,我们提供该包的方法论细节、使用公开数据的演示以及计算指导。

关键词

引用

@article{arxiv.2310.12358,
  title  = {causalBETA: An R Package for Bayesian Semiparametric Causal Inference with Event-Time Outcomes},
  author = {Han Ji and Arman Oganisian},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2310.12358},
  year   = {2023}
}