BIOMERO 2.0：面向生物成像数据导入、分析与溯源的全流程 FAIR 基础设施
软件工程
2026-05-27 v1 定量方法
摘要
我们提出 BIOMERO 2.0，这是 BIOMERO 框架的重大演进，将 OMERO 转变为一个符合 FAIR（可发现、可访问、可互操作、可重用）原则且具备溯源感知的生物成像平台。BIOMERO 2.0 通过一个 OMERO.web 插件和容器化组件，集成了数据导入、预处理、分析和工作流监控。导入子系统利用容器化预处理和通过表单进行的元数据富集，促进原位导入；分析子系统则通过 BIOMERO Python 库，在高性能计算系统上协调并追踪容器化分析。所有导入和分析均记录参数、版本和结果，确保通过集成仪表板可访问的实时溯源。这种双重方法将 OMERO 置于生物成像分析过程的核心：导入器确保从图像采集到预处理及导入 OMERO 的溯源，而分析器则为下游处理记录溯源。这些集成层增强了 OMERO 的 FAIR 化，支持可追踪、可重用的图像分析工作流，弥合了数据导入、分析与共享之间的鸿沟。
引用
@article{arxiv.2511.13611,
title = {BIOMERO 2.0: end-to-end FAIR infrastructure for bioimaging data import, analysis, and provenance},
author = {Torec T. Luik and Joost de Folter and Rodrigo Rosas-Bertolini and Eric A. J. Reits and Ron A. Hoebe and Przemek M. Krawczyk},
journal= {arXiv preprint arXiv:2511.13611},
year = {2026}
}
备注
16 pages, 2 figures, 25 pages supplemental information; for software, see https://github.com/Cellular-Imaging-Amsterdam-UMC/NL-BIOMERO