H-FABP-脂肪酸复合物在蛋白质晶体模拟中的行为
生物物理
2021-04-23 v1
摘要
晶体学数据来自晶体内所有晶胞的时空平均，因此动力学现象对衍射数据的贡献不显著。人们已做出许多努力来重构大分子的运功，并探索受限蛋白质在晶体网络中可能采取的微观状态。本文中，我们探索了从不同室温下获得的高分辨率坐标出发模拟心脏脂肪酸结合蛋白（H-FABP）晶体的多种策略，详细描述了利用分子动力学模拟研究蛋白质晶体（特别是 H-FABP）的流程，并探讨了乙醇作为共溶质可改变蛋白质稳定性并促进脂肪酸交换的作用。此外，我们根据实验各向同性 B 因子在晶体模型中引入晶体学约束，并使用主成分分析、各向同性与各向异性 B 因子分析 H-FABP 晶体的运动。我们的结果表明，基于实验 B 因子的受限 MD 模拟产生的模拟 B 因子低于无约束模拟，从而更准确地预测温度因子。然而，无位置约束的体系在晶体中表现出更高的微观异质性。
引用
@article{arxiv.1806.06102,
title = {Behavior of H-FABP-fatty acid complex in a protein crystal simulation},
author = {Yanis R. Espinosa and H. Ariel Alvarez and Eduardo I. Howard and C. Manuel Carlevaro},
journal= {arXiv preprint arXiv:1806.06102},
year = {2021}
}