反应性核酸系统中序列基序动力学的贝叶斯速率推断

RNA 世界假说提出了早期地球上生命如何出现的路径。它假设生命始于基于 RNA 的系统，能够存储、传递和复制信息，设想单体和短 RNA 寡聚体相互作用形成更长的链，最终成为具有催化活性的核酶。RNA 池中的关键反应是杂交、解杂交、模板连接和切割。这些反应取决于许多环境参数以及相互作用链之间广泛的可能构型。为了扫描此类高维参数空间，需要高效的描述方法。基序速率方程将复杂的链反应器动力学投影到序列基序空间。在此，我们提出了一个贝叶斯推断框架，用于从链反应器模拟产生的连接计数数据中推断其参数。这提供了一个将更简单的基序速率方程与更复杂的模拟相匹配的框架。此外，这是朝着直接从实验数据中推断反应速率常数迈出的一步，包括严格的不确定性估计。这可能是连接理论与实验，并加深我们对生命出现所必需的基本特征理解的关键步骤。