中文

RNA 世界的起源:动力学模型

adap-org 2007-05-23 v1 适应与自组织系统 分子网络 种群与进化

摘要

本文旨在提出、构建和分析用于从前体单体β-D-核糖核酸在原始条件下从单体β-D-核糖核酸 precursor 产生长链RNA的微观动力学模型。我们的理论从类似但更一般的化学假设出发,即催化复制可导致大量长链的形成。特别是,我们的模型包含(i)直接链生长、(ii)模板辅助合成和(iii)由RNA复制酶核糖核酸催化,所有这些都具有不同的效率。然而,在我们的模型中,反应机制保持“开放”;我们不假设存在维持长链种群的封闭超循环。相反,我们关注从单体核苷酸中自我维持RNA链集合的初始可行性。我们直接面对问题的核心非线性特征,这些特征在以往研究中常常被忽视。我们的详细微观动力学模型导致一般化的贝克-德鲁尔系统(BD)的动力学方程,用于逐步增长簇或聚合链;它们落在一种最近成功应用于广泛复杂化学问题的一般理论框架内。事实上,我们考虑的最准确的模型包含 BD 聚合项,以及一般化的斯莫拉乔斯基碎片化项,用于模拟RNA聚合链的竞争水解。我们得出结论,从合理的单体核苷酸浓度(在原始汤中)以及可接受的 timescales 开始,可能选中一组自我复制的聚核糖核酸链,而效率较低的复制体则会灭绝。

关键词

引用

@article{arxiv.adap-org/9903002,
  title  = {The Origin of the RNA World: a Kinetic Model},
  author = {Jonathan A. D. Wattis and Peter V. Coveney},
  journal= {arXiv preprint arXiv:adap-org/9903002},
  year   = {2007}
}

备注

64 pages, 4 tables, 3 figures (2 postscript, 1 generated within LaTeX). To appear in J Phys Chem