用于定位 Xce 实验的贝叶斯流形约束先验模型
应用统计
2018-12-24 v1 基因组学
定量方法
摘要
我们提出了一种针对旨在定位遗传位点 Xce（X 染色体控制元件）的新颖实验的分析，Xce 偏向小鼠中 X 失活的随机过程。X 失活偏倚是一种现象，其中胚胎中的细胞随机选择一条亲本染色体失活，但表现出对某一亲本品系的平均偏倚。通过对未表征亲本与已知携带者的小鼠杂交，进行了基于焦磷酸测序的等位基因特异性基因表达测量。我们的贝叶斯分析适用于这种自适应实验设计，并考虑了基因间偏倚和精度差异。模型可辨识性通过约束到流形的先验来促进。我们展示了重新参数化的切片采样可妥善处理一类通用的约束先验。我们演示了一个基于“加权硬币”假设的物理解释模型，可预测未测试杂交中的 X 失活比率。该模型表明，Xce 等位基因的差异源于称为拷贝数变异的过程，其中较强的 Xce 等位基因为较短的序列。
引用
@article{arxiv.1812.08863,
title = {Bayesian Manifold-Constrained-Prior Model for an Experiment to Locate Xce},
author = {Alan B. Lenarcic and John D. Calaway and Fernando Pardo-Manuel de Villena and William Valdar},
journal= {arXiv preprint arXiv:1812.08863},
year = {2018}
}
备注
29 pages, 4 figures