在稳态通量空间采样中避免内部循环
定量方法
2012-10-19 v1 分子网络
摘要
作为代谢网络研究中广泛使用的方法，稳态通量空间中的蒙特卡洛采样以其灵活性和便利性而闻名，只需交替约束或目标函数，或附加后处理即可实现不同目的。最近，基于热力学第二定律的非线性约束概念（称为“循环律”）对当前的采样算法提出了挑战，因为这些算法不可避免地会产生内部循环。本文提出了一种广义方法，以消除采样过程中出现内部循环的概率。基于人工中心命中运行 (ACHR) 方法，新采样过程的每一步都将避免进入“形成循环”的子空间。该方法已应用于幽门螺杆菌 (Helicobacter pylori) 的代谢网络，使用了三种不同的目标函数：均匀采样、优化生物量合成、优化摄入资源上的生物量合成效率。新方法与传统 ACHR 方法的结果对比显示，在不影响非循环通量的情况下，有效地消除了循环通量。
引用
@article{arxiv.1210.5234,
title = {Avoid Internal Loops in Steady State Flux Space Sampling},
author = {Lu Xie},
journal= {arXiv preprint arXiv:1210.5234},
year = {2012}
}
备注
arXiv admin note: substantial text overlap with arXiv:0711.1193