最长公共子序列、最短公共超序列与模式之间关系的分析及其在生物序列模式发现中的应用
数据结构与算法
2016-11-17 v1 离散数学
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其他计算机科学
定量方法
摘要
对于一组多重序列，它们的模式、最长公共子序列（LCS）和最短公共超序列（SCS）代表了这些序列概况的不同方面，它们都可以用于生物序列比较和分析。揭示模式与 LCS、SCS 之间的关系可能为我们提供对生物序列模式的更深入视角，进而更好地理解它们。然而，关于模式、LCS 和 SCS 之间的关系尚未有仔细的检验。在本文中，我们分析了它们的关系，并给出了一些引理。基于它们的关系，提出了一组称为 PALS（通过 LCS 和 SCS 发现模式）的算法，用于在一组生物序列中发现模式。这些算法首先通过启发式方法生成序列的 LCS 和 SCS 结果，然后从这些结果中推导出模式。实验表明，PALS 算法在各种序列上表现良好（在效率和准确性方面）。PALS 方法还为我们提供了一种在 SCS 和 LCS 的启发式结果之间进行转换的解决方案。
引用
@article{arxiv.0903.2310,
title = {Analysis of the Relationships among Longest Common Subsequences, Shortest Common Supersequences and Patterns and its application on Pattern Discovery in Biological Sequences},
author = {Kang Ning and Hoong Kee Ng and Hon Wai Leong},
journal= {arXiv preprint arXiv:0903.2310},
year = {2016}
}
备注
Extended version of paper presented in IEEE BIBE 2006 submitted to journal for review