基于 HMM 的比较基因组框架用于检测真核生物中的基因渐渗
种群与进化
2015-06-17 v1
摘要
种间杂交及随后进化力量作用的结果之一是基因渐渗，即遗传物质从一个物种整合到另一物种个体的基因组中。几个真核生物类群的进化涉及杂交，且已通过基因渐渗实现适应的案例已被确立。在这项工作中，我们报告了一种新的用于检测基因组中基因渐渗的比较基因组框架，称为 PhyloNet-HMM，该框架结合了捕捉基因组间网状进化关系的系统发育网络与捕捉基因组内依赖关系的隐马尔可夫模型 (HMMs)。我们工作的一个新颖之处在于它还考虑了不完全谱系分选和位点间的依赖性。将我们的模型应用于小鼠 (Mus musculus domesticus) 基因组 7 号染色体的变异数据，检测到了最近报道的涉及啮齿动物毒药抗性基因 Vkorc1 的适应性基因渐渗事件，以及其他新检测到的基因渐渗区域。基于我们的分析，估计 7 号染色体中约 12% 的位点源自渐渗（这些位点覆盖 7 号染色体约 18 Mbp，涉及超过 300 个基因）。此外，我们的模型在两个阴性对照数据集中未检测到基因渐渗。我们的工作提供了一个强大的框架，用于系统分析基因渐渗，同时考虑位点间的依赖性、点突变、重组和祖先多态性。
引用
@article{arxiv.1310.7989,
title = {An HMM-based Comparative Genomic Framework for Detecting Introgression in Eukaryotes},
author = {Kevin J. Liu and Jingxuan Dai and Kathy Truong and Ying Song and Michael H. Kohn and Luay Nakhleh},
journal= {arXiv preprint arXiv:1310.7989},
year = {2015}
}