耦合隐马尔可夫模型用于多物种顺式调控模块的发现
应用统计
2007-09-14 v1
摘要
由多个转录因子结合位点 (TFBSs) 组成的顺式调控模块 (CRMs) 控制真核基因组中的基因表达。比较基因组学研究表明，由于进化约束，这些调控元件在物种间更为保守。我们提出了一种统计方法，将模块结构与跨物种直系同源性相结合，用于从头模体发现。我们使用隐马尔可夫模型 (HMM) 来捕捉每个物种中的模块结构，并通过多物种比对将这些 HMM 耦合起来。引入了进化模型以考虑不同物种间比对序列位置的相关结构。基于我们的模型，我们开发了一种马尔可夫链蒙特卡洛方法 MultiModule，用于在多物种的直系同源序列组中同时发现 CRMs 及其组成模体。我们的方法在哺乳动物和果蝇的模拟及生物数据集上进行了测试，观察到比其他模体和模块发现方法有显著改进。
引用
@article{arxiv.0708.4318,
title = {Coupling hidden Markov models for the discovery of Cis-regulatory modules in multiple species},
author = {Qing Zhou and Wing Hung Wong},
journal= {arXiv preprint arXiv:0708.4318},
year = {2007}
}
备注
Published at http://dx.doi.org/10.1214/07-AOAS103 in the Annals of Applied Statistics (http://www.imstat.org/aoas/) by the Institute of Mathematical Statistics (http://www.imstat.org)