用于呼吸道合胞病毒感染的吸引-排斥点过程模型
统计方法学
2014-07-15 v2
摘要
病毒的进展如何受细胞内在属性的影响？我们通过在一项体外实验中研究感染了两株人呼吸道合胞病毒 (RSV-A 和 RSV-B) 的细胞的易感性来解决这个问题。被感染细胞的空间模式使我们能够深入了解局部条件如何影响对病毒的易感性。我们观察到一种复杂的吸引和排斥行为，即被感染细胞聚集在一起或保持分离的倾向。我们开发了一种新的空间点过程模型来描述这种行为。空间点过程的推断非常困难，因为这些模型的似然函数包含难以处理的归一化常数；我们采用一种称为双重 Metropolis-Hastings 的 MCMC 算法来克服这一计算挑战。我们的方法对于由超过 10,000 个点组成的大型点模式在计算上也是高效的。我们通过模拟数据示例说明了模型与推断方法的应用，并将模型拟合到多种 RSV 实验中。由于我们的模型参数易于解释，我们能够从拟合模型中得出有意义的科学结论。
引用
@article{arxiv.1401.5506,
title = {An attraction-repulsion point process model for respiratory syncytial virus infections},
author = {Joshua Goldstein and Murali Haran and Ivan Simeonov and John Fricks and Francesca Chiaromonte},
journal= {arXiv preprint arXiv:1401.5506},
year = {2014}
}