AMRScan：一种用于从测序数据中快速检测抗菌药抗性基因的混合 R 和 Nextflow 工具包
基因组学
2025-07-14 v1
摘要
AMRScan 是一个混合生物信息学工具包，分别以 R 和 [Nextflow](https://www.nextflow.io/) 实现，用于从下一代测序 (NGS) 数据中快速且可重复地检测抗菌药抗性 (AMR) 基因。该工具包通过将测序读段对齐到诸如 CARD 等参考数据库来识别 AMR 基因命中情况。R 实现提供了一个简洁、基于脚本的方法，适用于单样本分析、教学和快速原型设计。相比之下，Nextflow 实现支持在高性能计算 (HPC) 和容器化环境中进行多样本批量处理的可重复、可扩展工作流程。它利用模块化管道设计，支持自动数据库设置、质量控制、转换、BLAST 对齐和结果解析。AMRScan 有助于在轻量级探索性分析与生产就绪监测管道之间搭建桥梁，适用于研究和公共卫生基因组学应用。
引用
@article{arxiv.2507.08062,
title = {AMRScan: A hybrid R and Nextflow toolkit for rapid antimicrobial resistance gene detection from sequencing data},
author = {Kaitao Lai},
journal= {arXiv preprint arXiv:2507.08062},
year = {2025}
}
备注
3 pages