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AMR-MoEGA:基于混合专家与遗传算法的抗药性预测

种群与进化 2025-11-18 v1

摘要

抗药性(AMR)已成为全球健康危机,迫切需要能够捕捉其复杂演化动力学的快速可靠预测框架。传统抗药性检测(AST)虽然准确,但仍繁琐且耗时,限制了其临床可扩展性。现有计算方法主要依赖基于单核苷酸多态性(SNP)的分析,无法考虑横向基因转移(HGT)和基因组水平相互作用等演化驱动因素。本研究引入一种新的演化混合专家(Evo-MoE)框架,将基因组序列分析、机器学习和演化算法相结合,以建模和预测AMR的演化。混合专家模型在标记了用于多种抗生素的基因组数据上进行训练,作为预测核心,估计每个基因组抗性的可能性。该模型嵌入一个遗传算法,用于模拟AMR在代际间的发展。每个基因组作为种群中的个体,依据预测的抗性概率进行变异、交叉和选择。产生的演化轨迹揭示了抗性获取的动态路径,提供了在抗生素选择压力下基因组演化的机制性见解。对突变率和选择压力的灵敏度分析表明,该模型具有稳健性和生物学合理性。与精选AMR数据库和文献证据的验证进一步确证了该框架的预测忠实度。这种集成方法连接了基因组预测与演化模拟,为理解和anticipate抗药性动态、并可能指导合理的抗生素设计和政策干预提供了强大工具。

关键词

引用

@article{arxiv.2511.12223,
  title  = {AMR-MoEGA: Antimicrobial Resistance Prediction using Mixture of Experts and Genetic Algorithms},
  author = {Anshul Bagaria},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2511.12223},
  year   = {2025}
}

备注

21 pages, 24 figures