带延迟的活动网络：在毒性分析中的应用
定量方法
2016-08-29 v1 人工智能
摘要
ANDy（带延迟的活动网络）是一个离散时间框架，旨在对时间依赖性活动进行定性建模。其模块化且简洁的语法使 ANDy 适用于对时间依赖性生物系统（即调控通路）进行简单自然的建模。活动涉及在生化网络运作中扮演激活剂、抑制剂或产物角色的实体。活动可以具有给定的持续时间，即获得结果所需的时间。一个实体可以代表一个对象（例如，一个代理、一种生化物质或其一族），并带有一个局部属性——表示其水平（例如浓度、强度）的状态。实体的水平可能因活动的结果而改变，也可能随时间逐渐衰减。ANDy 的语义通过高级 Petri 网形式化地给出，从而确保了某种模块性。作为主要结果，我们证明了 ANDy 系统即使对于潜在的无限过程也具有有限状态表示，并且它很好地适应了毒性行为的建模。作为例证，我们给出了毒性性质的分类，并就如何利用现有工具在 ANDy 系统上验证这些性质提供了一些提示。我们提供了一个关于血糖调节的小型案例研究，以例证 ANDy 框架和毒性性质。
引用
@article{arxiv.1608.07440,
title = {Activity Networks with Delays An application to toxicity analysis},
author = {Franck Delaplace and Cinzia Di Giusto and Jean-Louis Giavitto and Hanna Klaudel},
journal= {arXiv preprint arXiv:1608.07440},
year = {2016}
}