用于外切酶纳米孔 DNA 测序的串联池
生物大分子
2014-08-21 v1 生物物理
摘要
提出了一种用于 DNA 测序的串联池，其中外切酶从 DNA 链上切割碱基（单核苷酸）以便在纳米孔内进行识别。它具有两个纳米孔和三个隔室，结构为 [cis1, 上游纳米孔 (UNP), trans1=cis2, 下游纳米孔 (DNP), trans2]。外切酶附着在 trans1/cis2 中 UNP 的出口侧。由于 UNP 中剩余的 DNA 链，被切割的碱基无法回归到 cis1。DNP 上具有正负分量的轮廓电场减缓了碱基通过 DNP 的易位。所提出的结构采用 Fokker-Planck 方程建模，并给出了分段解。模型结果表明，碱基以接近 1 的概率按自然顺序进入 DNP，被检测且无任何丢失，并且在进入 trans2 后不会回归到 DNP。因此，串联池的测序效率将完全取决于 DNP 内部碱基类型之间的区分水平。
引用
@article{arxiv.1408.4480,
title = {A Tandem Cell for Nanopore-based DNA Sequencing with Exonuclease},
author = {G. Sampath},
journal= {arXiv preprint arXiv:1408.4480},
year = {2014}
}
备注
14 pages, 8 figures