用于基于肽段诊断浣熊圆线虫感染的结构化软硬件架构 (ICIAfS14)
计算工程、金融与科学
2014-12-30 v1
摘要
在鸟枪法蛋白质组学工作流程中，从复杂的肽段混合物（生物样品的消化产物）推断蛋白质的问题，对计算资源提出了极高的要求，包括需要极高的处理吞吐量、快速的处理速率以及结果的可靠性。由于剪接变体和蛋白质同构体的存在，通常无法通过固定的氨基酸序列来定义给定的蛋白质，这一事实加剧了上述问题。因此，蛋白质推断问题可视为在有限容差范围内识别氨基酸序列的问题。本文开发并验证了一种基于模型的、结构化且实用的推断方法的硬件加速方案，并在具有现实规模的质谱实验中进行了验证。与在用于协同设计的处理器上运行的纯软件工作流程相比，我们在协同设计的工作流程中实现了高达 10 倍的加速比。
引用
@article{arxiv.1412.7811,
title = {A Structured Hardware Software Architecture for Peptide Based Diagnosis of Baylisascaris Procyonis Infection (ICIAfS14)},
author = {S. M. Vidanagamachchi and S. D. Dewasurendra and R. G. Ragel and M. Niranjan},
journal= {arXiv preprint arXiv:1412.7811},
year = {2014}
}
备注
appears in The 7th International Conference on Information and Automation for Sustainability (ICIAfS) 2014