朊病毒 AGAAAAGA 淀粉样纤维分子建模策略
最优化与控制
2012-12-14 v1 生物大分子
摘要
X 射线晶体学和核磁共振波谱法是测定蛋白质三维结构的两种强大工具。然而，并非所有蛋白质都能成功结晶，尤其是膜蛋白。尽管核磁共振波谱法在测定膜蛋白三维结构方面确实非常强大，但与 X 射线晶体学一样，它仍然非常耗时且昂贵。在许多情况下，由于某些蛋白质的非结晶性和不溶性，X 射线和核磁共振根本无法使用。然而，计算方法使我们能够在亚微观水平上获得蛋白质三维结构的描述。据作者所知，迄今为止关于朊病毒疏水区 (113-120) 中 AGAAAAGA 回文序列的结构数据很少，该区域正好位于朊病毒 N 端非结构化区 (1-123) 内。许多实验研究表明，AGAAAAGA 区域具有形成淀粉样纤维的特性，并在朊病毒疾病中发挥重要作用。由于淀粉样纤维的非结晶性和不溶性，关于 AGAAAAGA 的结构数据很少。本文介绍了一种简单的分子建模策略，以解决朊病毒 AGAAAAGA 淀粉样纤维的原子分辨率三维结构。本文获得的朊病毒 AGAAAAGA 淀粉样纤维的原子分辨率结构有助于在药物化学领域寻找朊病毒疾病的治疗方法。
引用
@article{arxiv.1109.2289,
title = {A strategy on prion AGAAAAGA amyloid fibril molecular modelling},
author = {Jiapu Zhang and David D. W. Liu},
journal= {arXiv preprint arXiv:1109.2289},
year = {2012}
}