球状大分子动力学的随机有限元模型
计算物理
2015-06-11 v1 生物物理
摘要
我们描述了一种用于模拟球状大分子（如蛋白质）动力学的新型粗粒化模拟方法。该大分子被视为受热涨落影响的连续体。该模型包含弹性和粘度的非线性处理，并结合通过有限元分析求解的热噪声。我们通过证明该模型提供的平均动能和势能与经典能量均分定理一致，验证了该方法。此外，我们对一系列线性梁的模拟轨迹进行了傅里叶分析，以确认前两个傅里叶弯曲模式中存在正确的平均能量。随后，我们利用这种新的建模方法模拟了代表性蛋白质在 500ns 时间尺度上的热涨落。使用合理的材料属性参数，我们证明了生物分子的整体变形与从原子分子动力学模拟中获得的一般蛋白质结果一致。
引用
@article{arxiv.1209.4794,
title = {A Stochastic Finite Element Model for the Dynamics of Globular Macromolecules},
author = {Robin Oliver and Daniel J. Read and Oliver G. Harlen and Sarah A. Harris},
journal= {arXiv preprint arXiv:1209.4794},
year = {2015}
}
备注
38 pages, 6 figures