双漏斗能量景观的自旋-1 表示

多肽左手与右手螺旋折叠之间的互变定义了一个双漏斗自由能景观。在此背景下，漏斗极小值通过未折叠构象的连续体相连，让人联想到经典的螺旋-卷曲转变。物理直觉和最近的猜想表明，可以通过为每个残基分配左手或右手螺旋状态来映射该景观。我们使用全原子副本交换分子动力学和一个类 Ising 模型探索了这一可能性，证明能量景观架构与两态图像不一致。三态模型——左、右和非结构态——可以解释手性互变过程中的大多数关键中间体。竞争的折叠和激发构象态仍然对该方法的范围施加了限制。然而，改进是显著的：从两态模型移动到三态模型，沿左右互变路径的拟合误差从 1.6 $k_B T$ 降低到 0.3 $k_B T$。