homotrimeric BP180/collagen XVII 的一种推定且计算上稳定的结构

背景：BP180，也称为 collagen XVII 和 BPAG2（牛津皮肤疮疮抗原 2），是 hemidesmosomal plaque 复合物中的一种 180 kDa 跨膜蛋白，已知是牛津皮肤疮疮、妊娠性皮肤疮疮、疤痕样（黏膜）皮肤疮疮以及线性 IgA 皮肤疮疮的主要抗原。目标：目前尚未知道 BP180 的 3D 结构。旨在通过机器学习和分子动力学预测 BP180 的一个合理结构。方法：本文使用最新的 Boltz-2 模型预测 BP180 的细胞内、跨膜和近端细胞外域的结构，包括 NC16A 抗原区域及其第一个细胞外 collagenous 域（Col-15）的一部分。我们在简单磷脂双层中计算嵌入 BP180，演示预测的结构通过分子动力学保持稳定，并分析其 allosteric 属性。结果：所提出的结构满足来自同源建模预期的对称性和次级结构特性。在三个 500 ns 轨迹中，预测的 globular 头域有轻微不稳定性，但 homotrimer 否则主要保持折叠。预测的 NC16A 域刚性，而截短的 Col-15 域高度灵活。似乎不存在与初始状态相近且稳定的不同构象。结论：所提出的结构是针对 BP180 药物靶向、进一步实验表征 BP180 以及生成关于贡献于牛津疾病的相关抗原的假设的有用起点。扩散模型如 Boltz-2 和 AlphaFold3 有用，但其结果必须仔细评估。