不同环境条件下磷脂酰胆碱甘油骨架和胆碱头基的原子分辨率结构研究
生物物理
2015-01-15 v2 软凝聚态物质
生物大分子
摘要
磷脂是生物膜的基本构建单元。尽管已有大量准确的实验数据，但磷脂酰胆碱双层中甘油骨架和胆碱头基采样的原子分辨率结构尚不清楚。如果模型能够重现实验数据，原子分辨率分子动力学模拟模型将自动解析这些结构并提供对实验结果的解释。在本工作中，我们比较了 14 种不同的原子分辨率模型与完全水合脂质双层实验中甘油骨架和胆碱头基的 C-H 键矢量序参数。当前的模型尚不足以精确解析结构。然而，对三个表现最佳的模型（CHARMM36、GAFFlipid 和 MacRog）的仔细检查表明，采样二面角分布的改进可能会潜在地导致能够解析结构的模型。尽管完全水合结构存在不准确性，但对脱水的响应（即 P-N 矢量更平行于膜法线倾斜）在所有模型中定性上是正确的。CHARMM36 和 MacRog 模型比 Berger/H"oltje 模型更好地描述了脂质与胆固醇之间的相互作用。这项工作已经并将继续通过博客 nmrlipids.blogspot.fi 进行推进和讨论。欢迎所有人加入讨论并通过博客做出贡献。手稿最终将提交至合适的科学期刊。所有通过博客为这项工作做出贡献的人都将被提供共同作者身份。更多详情见：nmrlipids.blogspot.fi。
引用
@article{arxiv.1309.2131,
title = {Towards atomistic resolution structure of phosphatidylcholine glycerol backbone and choline headgroup at different ambient conditions},
author = {Alexandru Botan and Andrea Catte and Fernando Favela and Patrick Fuchs and Matti Javanainen and Waldemar Kulig and Antti Lamberg and Markus S. Miettinen and Luca Monticelli and Jukka Määttä and Vasily S. Oganesyan and O. H. Samuli Ollila and Marius Retegan and Hubert Santuz and Joona Tynkkynen},
journal= {arXiv preprint arXiv:1309.2131},
year = {2015}
}
备注
The manuscript is discussed at http://nmrlipids.blogspot.fi, authors are in alphaphetical order