求解大规模二元和非二元树杂交数问题的实用近似算法
种群与进化
2014-05-02 v3
摘要
网状事件在确定进化关系中起着重要作用。计算解释两个系统发育树之间不一致所需的最小此类事件数是一个困难的计算问题。即使对于二元树，精确求解器也难以处理网状数大于40-50的实例。本文提出了CycleKiller和NonbinaryCycleKiller，这是首批能够为具有数百甚至数千个网状结构的实例生成可验证接近最优解的方法。通过模拟，我们证明了这些算法对于大规模困难实例运行快速，产生的解非常接近最优。作为模拟的副产品，我们还提出了TerminusEst，这是目前可处理非二元树的最快精确方法：用于衡量NonbinaryCycleKiller算法的准确性。所有三种方法都基于先前理论工作的扩展，并且公开可用。我们还将我们的方法应用于真实数据。
引用
@article{arxiv.1205.3417,
title = {A practical approximation algorithm for solving massive instances of hybridization number for binary and nonbinary trees},
author = {Leo van Iersel and Steven Kelk and Nela Lekić and Celine Scornavacca},
journal= {arXiv preprint arXiv:1205.3417},
year = {2014}
}