一种以核苷碱基为中心的粗粒化表示用于RNA基序结构预测
生物大分子
2020-05-05 v2 生物物理
化学物理
摘要
我们引入SPlit-and-conQueR(SPQR)模型,一种为结构预测与精修设计的RNA粗粒化表示。在我们的方法中,一个核苷酸的表示包含一个代表磷酸基团的点粒子和一个代表核苷的各向异性粒子。相互作用原则上受基于知识的势能启发,该势能源自以碱基为中心的评分函数ESCORE。然而,对于碱基配对相互作用以及某些在原始知识库模型中丢失的几何构象,我们给予了特殊处理。这产生了一种能够描述平面规范与非规范碱基对以及碱基-磷酸相互作用,并区分糖褶皱与糖苷扭转构象的表示。该模型被应用于若干结构的折叠,包括含非规范碱基对内环的双链体、四环、 junctions( junction结构)以及一个假结。对于这些体系中的大多数,实验结构在单个接触水平上被正确预测。我们还提出了一种从粗粒化表示高效重建原子级细节的方法。
引用
@article{arxiv.1711.00741,
title = {A nucleobase-centered coarse-grained representation for structure prediction of RNA motifs},
author = {Simón Poblete and Sandro Bottaro and Giovanni Bussi},
journal= {arXiv preprint arXiv:1711.00741},
year = {2020}
}
备注
Accepted for publication on Nucleic Acids Research