基于骨架 k-树模型的 RNA 核苷酸相互作用从头预测
生物大分子
2014-07-29 v1
摘要
鉴于非编码 RNA 对细胞调控功能的重要性以及 RNA 转录本的快速增长，RNA 三级结构的计算预测仍然需求迫切且极具挑战性。即使对于短 RNA 序列，其三级构象空间也极其巨大；现有方法为了获得计算可行性，大多依赖于对构象进行随机采样。然而，原生构象可能未被检验，且预测精度可能因采样而受损。特别是，对于长度超过 50 的 RNA，最先进的方法尚未达到理想的预测性能。本文致力于解决 RNA 三级结构预测问题中的关键步骤，即预测构成目标三级结构的核苷酸相互作用。本研究建立在一个名为骨架 k-树（backbone k-tree）的新型图模型之上，以显著约束 RNA 三级结构中的核苷酸相互作用关系。研究表明，新模型使得能够从查询序列中高效地预测最优核苷酸相互作用集，包括所有最近发现家族中的相互作用。初步结果证明，新方法能够以高精度预测构成查询序列三级结构的核苷酸相互作用，从而为 RNA 三级结构的从头预测提供了一种可行的解决方案。
引用
@article{arxiv.1407.7080,
title = {Ab initio Prediction of RNA Nucleotide Interactions with Backbone k-Tree Model},
author = {Liang Ding and Xingran Xue and Sal LaMarca and Mohammad Mohebbi and Abdul Samad and Russell L. Malmberg and Liming Cai},
journal= {arXiv preprint arXiv:1407.7080},
year = {2014}
}
备注
Accepted by Computational Methods for Structural RNAs (CMSR'14)