局部链间去杂交对双链 DNA 大幅弯曲涨落的影响
信息论
2011-10-03 v1 math.IT
摘要
DNA 弯曲的蠕虫链(WLC)模型能够精确再现长链(千碱基对)的单分子力-拉伸曲线。然而,这些大尺度上的弯曲统计并不能为 1–10 bp 尺度上的弹性确立一个唯一的微观模型,而该尺度在生物学情境中尤受关注。本文考察了一类允许破坏碱基配对(即"熔解"或"扭结",统称"激发")从而增强局部柔性的微观模型。我们首先分析在蠕虫链中对空间自由度积分后对激发自由能的影响。基于此分析,我们给出了这些模型的一种表述形式,使其与长链中已确立的熔解热力学保持一致。利用一种从增强采样蒙特卡罗模拟计算短链成环统计的新方法,我们计算了可熔解蠕虫链(MWLC)在广泛链长范围内的 J 因子,包括迄今尚未在实验上探索的极短分子(30 bp)。对于长度约大于 120 bp 的链(包括迄今实验室中研究过的大多数分子),我们发现熔解激发对成环动力学影响甚微。仅在更短的链中,熔解的显著特征才可能出现,并有望在典型实验散射范围内被分辨出来。
引用
@article{arxiv.1109.6714,
title = {A Novel Two-stage Entropy-based Robust Cooperative Spectrum Sensing Scheme with Two-bit Decision in Cognitive Radio},
author = {Nan Zhao},
journal= {arXiv preprint arXiv:1109.6714},
year = {2011}
}