基于3D-RISM理论与弦方法寻找离子及小分子穿越蛋白质的最小自由能路径的新方法
化学物理
2018-04-10 v2 生物物理
摘要
提出了一种基于三维参考相互作用点模型(3D-RISM)理论结合弦方法寻找离子及小分子穿越蛋白质的最小自由能路径(MFEP)的新方法。3D-RISM理论给出传输物质在蛋白质周围及内部的平均力势(PMF)或分布函数。通过将弦方法应用于PMF曲面,可便捷地确定传输物质在蛋白质内部的MFEP。该方法已应用于以通道视紫红质的Na+传导路径为例的研究。
引用
@article{arxiv.1801.00251,
title = {A new method for finding the minimum free energy pathway of ions and small molecule transportation through protein based on 3D-RISM theory and the string method},
author = {Norio Yoshida},
journal= {arXiv preprint arXiv:1801.00251},
year = {2018}
}