H-NS 介导的细菌 DNA 压缩模型
生物物理
2013-04-04 v1 生物大分子
摘要
类组蛋白核样结构蛋白（H-NS）是一种核样相关蛋白，参与基因调控和 DNA 压缩。H-NS 可以通过两种不同的方式结合 DNA：反式（trans）结合两个独立的 DNA 双螺旋，或顺式（cis）结合同一双螺旋上的不同位点。基于扫描力显微镜成像和光镊驱动解链实验，近期有观点认为 DNA 压缩可能源于 H-NS 以反式和顺式构型结合 DNA 的拮抗效应。为了更深入地了解压缩机制，我们构建了一个描述 H-NS 介导的细菌 DNA 压缩的粗粒化模型。这些模拟突显了 DNA 压缩确实源于几个竞争因素之间的微妙平衡，其中包括质粒的形变动力学以及蛋白质二聚体与 DNA 的多种结合模式，即悬垂构型、顺式结合和反式结合。特别是，压缩程度对顺式和反式构型结合能的差异极其敏感。我们的模拟还指出，DNA-蛋白质复合物的构象在体相和平面条件下显著不同，这表明在云母表面观察到的构象可能与活细胞中普遍存在的构象存在显著差异。
引用
@article{arxiv.1304.0924,
title = {A model of H-NS mediated compaction of bacterial DNA},
author = {Marc Joyeux and Jocelyne Vreede},
journal= {arXiv preprint arXiv:1304.0924},
year = {2013}
}