基于集合覆盖确定氨基酸替换矩阵的方法
定量方法
2007-05-23 v1
摘要
我们提出了一种新的方法，用于确定蛋白质比对中使用的氨基酸替换矩阵。该新方法基于残基集合上预先存在的集合覆盖，以及描述在给定集合覆盖下残基可交换性的无向图。对于指示如何从集合覆盖获得边权重，以及随后从图上的加权距离获得替换矩阵元素的固定函数形式，所得的替换矩阵可以针对一组已知的参考比对和给定的空位罚分进行性能检验。寻找合适的函数形式和空位罚分可以表述为一个优化问题，该问题旨在最大化替换矩阵在参考比对集上的性能。我们给出了在BAliBASE基准测试集上使用遗传算法进行优化的计算结果。我们的结果表明，根据所考虑的具体情况，有可能获得性能与若干其他矩阵相当或超越它们的替换矩阵。
引用
@article{arxiv.q-bio/0504007,
title = {A methodology for determining amino-acid substitution matrices from set covers},
author = {A. H. L. Porto and V. C. Barbosa},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0504007},
year = {2007}
}