描述肌球蛋白-V进程性的动力学模型

肌球蛋白-V如何协调其两个头部元件的生化反应与机械运动，以沿肌动蛋白丝实现有效的进程性分子运动，其精确细节仍不清楚。我们将一个由五个基本状态并补充两个 further 状态以允许无效水解与解离的肌球蛋白-V行走定量动力学模型，与关于运行长度、速度、驻留时间及其对体相核苷酸浓度与双向外部负载依赖性的实验结果进行比较。该模型揭示了肌球蛋白-V如何利用分子内应变来同步头部元件的运动。反应速率常数与内应变能的估计通过一种计算比较方案获得，该方案涉及对巨大参数空间的广泛探索。此方案利用了我们已对反应网络获得解析结果的事实，例如速度以及运行长度、扩散常数与向后步比例。与实验的吻合常较合理，但指出了若干开放问题，尤其是此类通用模型无法重现所报道的运行长度对ADP的依赖性。我们的方法探索参数空间的新颖方式意味着，任何被确认的偏差都应能给出关于反应网络模型的新见解。