ZAPBench：针对斑马鱼全脑活动预测的基准测试
神经元与认知
2025-03-05 v1 计算机视觉与模式识别
机器学习
摘要
数据驱动的基准测试在天气和结构生物学等关键科学建模领域取得了显著进展。在此，我们引入了斑马鱼活动预测基准测试（ZAPBench），以衡量在预测整个脊椎动物大脑中细胞分辨率神经活动这一问题上的进展。该基准测试基于一个新颖的数据集，其中包含幼年斑马鱼大脑中超过 70,000 个神经元的 4D 光片显微镜记录，以及这些数据的运动稳定和体素级细胞分割，从而促进了各种预测方法的开发。选自时间序列和体积视频建模方法的初步结果优于简单的基线方法，但也显示出进一步改进的空间。用于活动记录的特定大脑也正在进行突触级解剖映射，这将使未来能够将详细的结构信息整合到预测方法中。
引用
@article{arxiv.2503.02618,
title = {ZAPBench: A Benchmark for Whole-Brain Activity Prediction in Zebrafish},
author = {Jan-Matthis Lueckmann and Alexander Immer and Alex Bo-Yuan Chen and Peter H. Li and Mariela D. Petkova and Nirmala A. Iyer and Luuk Willem Hesselink and Aparna Dev and Gudrun Ihrke and Woohyun Park and Alyson Petruncio and Aubrey Weigel and Wyatt Korff and Florian Engert and Jeff W. Lichtman and Misha B. Ahrens and Michał Januszewski and Viren Jain},
journal= {arXiv preprint arXiv:2503.02618},
year = {2025}
}