通过分子动力学确定球状蛋白质的体积
软凝聚态物质
2014-04-08 v1 生物物理
生物大分子
摘要
对肌红蛋白和天冬氨酸氨基转移酶进行显式溶剂分子动力学模拟，结果表明能够准确再现实验测得的摩尔体积。已知天冬氨酸氨基转移酶VAL39的单氨基酸替换会导致该酶产生大的体积变化，这一效应也在模拟中得到证实。这种分子动力学方法虽然比现有的确定生物系统表观体积的计算方法计算成本更高，但在现代计算机硬件上相当可行，并且表明仅需几纳秒的动力学即可获得准确的体积数据。
引用
@article{arxiv.1404.1616,
title = {Volume Determination of Globular Proteins by Molecular Dynamics},
author = {Jonathan L. Belof and Edward W. Lowe and Randy W. Larsen and Brian Space},
journal= {arXiv preprint arXiv:1404.1616},
year = {2014}
}