利用基因调控信息加速基本通量模式的计算
分子网络
2012-08-10 v1
摘要
尽管近年来取得了显著进展，但计算大型甚至基因组规模代谢网络的完整基本通量模式集仍然不可能。我们提出了一种新方法，通过将转录调控信息纳入代谢网络分析来加速基本通量模式的计算。考虑基因调控可大幅缩减解空间，并使所提出的算法能够在计算过程的早期阶段持续消除生物学上不可行的模式。从而，显著降低了运行时间、内存使用和磁盘空间等计算成本。因此，使用所提出的模式消除算法将可通过基本通量模式研究的代谢网络规模推向了新的极限。
引用
@article{arxiv.1208.1853,
title = {Utilizing gene regulatory information to speed up the calculation of elementary flux modes},
author = {Christian Jungreuthmayer and David E. Ruckerbauer and Jürgen Zanghellini},
journal= {arXiv preprint arXiv:1208.1853},
year = {2012}
}
备注
7 pages, 2 figures, 13 tables; prepared for submission to Bioinformatics