估算代谢网络解空间的大小
无序系统与神经网络
2010-04-02 v1 统计力学
分子网络
定量方法
摘要
在这项工作中，我们提出了一种新的算法策略，能够有效表征与代谢约束相容的整个稳定通量集合。该算法基于著名的 Bethe 近似，允许在多项式时间内计算高维非满维凸多面体的体积。我们的算法结果与基于 Monte Carlo 方法对红细胞代谢网络通量分布的估计预测高度吻合，但所需时间不可同日而语。我们还分析了 E-Coli 代谢网络中反应平均通量的统计特性，最后测试了基因敲除对 E-Coli 中心代谢解空间大小的影响。
引用
@article{arxiv.0709.0922,
title = {Estimating the size of the solution space of metabolic networks},
author = {Alfredo Braunstein and Roberto Mulet and Andrea Pagnani},
journal= {arXiv preprint arXiv:0709.0922},
year = {2010}
}
备注
8 pages, 7 pdf figures