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二维半柔性链的普适单体动力学

软凝聚态物质 2015-06-17 v1 生物物理

摘要

我们提出了一个统一的标度理论,用于描述良溶剂条件下、自由排阻极限中稀溶液半柔性聚合物的单体动力学。我们的理论涵盖了众所周知的均方位移 (MSDs) 区域:刚性链由于弯曲运动而随时间呈 t3/4t^{3/4} 增长,以及类 Rouse 区域 t2ν/(1+2ν)t^{2 \nu / (1+ 2\nu)},其中 ν\nu 是描述溶胀柔性线圈半径 RR 的 Flory 指数。我们确定了这些定律的前置因子如何随持久长度 lpl_p 进行标度,并表明从刚性行为到柔性行为的交叉发生在 MSD 量级为 lp2l^2_p 时(对应的时间正比于 lp3l^3_p)。当 MSD 量级为 R2R^2 时,发生第二次交叉(转向扩散运动)。对具有键弯曲势的珠 - 弹簧模型进行的大规模分子动力学模拟(允许 lpl_p 在 1 到 200 个 Lennard-Jones 单位之间变化)为该理论提供了有力证据,特别是在 ν=3/4\nu=3/4D=2D=2 维情况下。我们的结果对于理解吸附在基底上的 DNA(及其他半柔性生物聚合物)的动力学应具有价值。

关键词

引用

@article{arxiv.1309.2665,
  title  = {Universal monomer dynamics of a two dimensional semi-flexible chain},
  author = {Aiqun Huang and Ramesh Adhikari and Aniket Bhattacharya and Kurt Binder},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1309.2665},
  year   = {2015}
}

备注

4-page paper with 5 figures. 3-page supplemental information with 3 figures