利用从头算热力学循环理解分子内离子对相互作用在构象稳定性中的作用
化学物理
2023-09-19 v3
摘要
分子内离子对相互作用赋予许多分子以形状和功能性。在适当取向下，这些相互作用克服空间位阻因素，并负责若干肽的紧凑结构。本研究中，我们提出一种基于等电子与炼金突变的热力学循环，以估计分子内离子对相互作用能。我们确定了26个具有常见离子对组合的基准分子的这些能量，并与使用分子内对称适配微扰理论所得结果进行比较。对于具有长连接链的系统，两种方法在真空相中评估的离子对能量偏差小于2.5%。基于密度泛函理论的热力学循环便于计算模型三肽在连续介质/微溶剂化模型下的盐桥相互作用，以及四个大肽：1EJG(crambin)、1BDK(bradykinin)、1L2Y(含色氨酸笼的微型蛋白)和1SCO(蝎毒中的毒素)。
引用
@article{arxiv.2203.03478,
title = {Understanding the role of intramolecular ion-pair interactions in conformational stability using an ab initio thermodynamic cycle},
author = {Sabyasachi Chakraborty and Kalyaneswar Mandal and Raghunathan Ramakrishnan},
journal= {arXiv preprint arXiv:2203.03478},
year = {2023}
}
备注
version 3, experimental relevance of salt-bridge interaction energy is discussed in the introduction, and minor revisions of figures