Uchimata：用于 web 和计算笔记本中 3D 基因组结构可视化的工具包
基因组学
2025-12-11 v2
摘要
摘要：Uchimata 是用于 3D 基因组结构可视化的工具包。它包含两个软件包：一个便于渲染 3D 基因组模型的 JavaScript 库，以及用于 Jupyter Notebook 中可视化的 Python 控件。主要功能包括表达的方式来指定视觉编码，以及基于基因组语义和空间方面的 3D 基因组结构过滤。Uchimata 设计为高度可与 Python 可用的生物工具集成。可用性与实施情况：Uchimata 在 MIT 许可下发布。JavaScript 库可在 NPM 上获取，而小部件可作为托管在 PyPI 上的 Python 软件包获取。两个的源代码均公开可在 Github（https://github.com/hms-dbmi/uchimata 和 https://github.com/hms-dbmi/uchimata-py）以及 Zenodo（https://doi.org/10.5281/zenodo.17831959 和 https://doi.org/10.5281/zenodo.17832045）获取。托管于 https://hms-dbmi.github.io/uchimata/ 的文档和示例。联系人：[email protected] 或 [email protected]。
引用
@article{arxiv.2509.13290,
title = {Uchimata: a toolkit for visualization of 3D genome structures on the web and in computational notebooks},
author = {David Kouřil and Trevor Manz and Tereza Clarence and Nils Gehlenborg},
journal= {arXiv preprint arXiv:2509.13290},
year = {2025}
}