ChromoSkein：基于 Web 的三维染色质纤维可视化框架
人机交互
2022-11-11 v1 图形学
摘要
我们提出 ChromoSkein，一个用于可视化三维染色质模型的基于 Web 的工具。染色质的空间组织对其功能至关重要。实验方法（即 Hi-C）揭示了空间构象，但输出的是二维矩阵表示。生物学家利用模拟将这一信息还原到三维，以二维矩阵为约束组装出三维染色质形状预测。我们对现有染色质可视化软件的概览表明，现有工具因低效的着色和缺乏高级交互而限制了三维表示的效用。我们设计 ChromoSkein 以鼓励直接对三维表示进行分析工作。我们的工具具有一个三维视图，支持理解高度缠绕的染色质纤维的形状及其各部分的空间关系。用户可以使用两种交互来探索和过滤三维模型。首先，他们可以通过切换语义部分的可见性以及添加剖切面来管理遮挡。其次，他们可以通过创建自定义选择来对模型进行分割。为补充三维视图，我们将空间表示与非空间基因组数据（如二维 Hi-C 图和一维基因组信号）相链接。我们通过两个示例用例展示了 ChromoSkein 的效用，这些用例在染色体和全基因组的空间背景下考察功能性基因组位点。
引用
@article{arxiv.2211.05125,
title = {ChromoSkein: Untangling Three-Dimensional Chromatin Fiber With a Web-Based Visualization Framework},
author = {Matúš Talčík and Filip Opálený and Tereza Clarence and Katarína Furmanová and Jan Byška and Barbora Kozlíková and David Kouřil},
journal= {arXiv preprint arXiv:2211.05125},
year = {2022}
}