数据阵列的位点关联谱
信息论
2024-01-11 v1 math.IT
摘要
本文引入一种分析多序列比对（MSA）的新视角，将比对数据表示为定义在有限符号字母表上的对齐数据。该框架旨在生成MSA的块分解，其中每个块由表现出某种位点一致性的序列组成。此框架的关键组成部分是定义在MSA内位点对（关联）上的信息论势。该势量化了两个组成位点之间信息变异的预期下降，其中期望是针对所有可能的子比对（通过移除有限、固定的行集合获得）而取的。证明了对于代表列且其符号处于双射对应的关联位点，该势为零；否则严格为正。进一步表明，对于每个符号对以相同重数出现的关联，该势取得其唯一最小值。最后，给出了一个关于MSA中异常检测的应用，该MSA由固定tRNA二级结构的反向折叠解组成，其中异常由不同RNA结构的反向折叠解表示。
引用
@article{arxiv.2401.04827,
title = {The site linkage spectrum of data arrays},
author = {Christopher Barrett and Andrei Bura and Fenix Huang and Christian Reidys},
journal= {arXiv preprint arXiv:2401.04827},
year = {2024}
}
备注
15 pages, 2 figures