多尺度下蛋白质相互作用网络中群落的功能

背景：如果生物学是模块化的，那么仅利用蛋白质相互作用网络结构推导出的蛋白质簇或群落，应能定义具有相似生物学角色的蛋白质模块。我们研究了酵母中生物模块与网络群落之间的联系，以及这种联系与我们探测网络尺度之间的关系。结果：我们的结果表明，群落的功能同质性取决于所选的尺度，并且几乎所有蛋白质在某个尺度上都位于一个功能同质的群落中。我们使用一种新颖的检验方法和三种独立的蛋白质功能表征来判断功能同质性，并发现这些度量之间存在高度重叠。我们证明，群落的高平均聚类系数可用于识别那些功能同质的群落。通过追踪蛋白质在多个尺度上的群落成员关系，我们展示了我们的方法如何对专注于特定蛋白质的生物学家有用。结论：我们表明，在酵母蛋白质相互作用网络的群落结构中不存在单一的感兴趣尺度，但我们可以识别出能产生最具功能一致性群落的解析参数范围，并预测哪些群落最可能是功能同质的。