单细胞组学时代的细胞本体
其他定量生物学
2026-02-16 v3 信息检索
摘要
单细胞组学技术通过实现对单个细胞的高分辨率分析，彻底改变了我们对细胞多样性的理解。然而，这些数据集前所未有的规模和异质性要求强大的数据整合与注释框架。细胞本体（CL）已成为实现 FAIR（可查找、可访问、可互操作和可重用）数据原则的关键资源，通过提供标准化的、物种无关的规范细胞类型术语，成为广泛平台和工具的核心组成部分。在本文中，我们描述了 CL 在这些平台和工具中的多种用途，并详细介绍了持续改进和扩展 CL 内容的工作，包括添加转录组类型，与人类细胞图谱和脑计划细胞图谱网络等主要图谱计划密切合作以支持其需求。我们涵盖了协调经典与转录组细胞类型定义、整合标记以及使用大语言模型（LLMs）提升 CL 工作流内容和效率的挑战与未来计划。
引用
@article{arxiv.2506.10037,
title = {The Cell Ontology in the age of single-cell omics},
author = {Shawn Zheng Kai Tan and Aleix Puig-Barbe and Damien Goutte-Gattat and Caroline Eastwood and Brian Aevermann and Alida Avola and James P Balhoff and Ismail Ugur Bayindir and Jasmine Belfiore and Anita Reane Caron and David S Fischer and Nancy George and Benjamin M Gyori and Melissa A Haendel and Charles Tapley Hoyt and Huseyin Kir and Tiago Lubiana and Nicolas Matentzoglu and James A Overton and Beverly Peng and Bjoern Peters and Ellen M Quardokus and Patrick L Ray and Paola Roncaglia and Andrea D Rivera and Ray Stefancsik and Wei Kheng Teh and Sabrina Toro and Nicole Vasilevsky and Chuan Xu and Yun Zhang and Richard H Scheuermann and Christopher J Mungall and Alexander D Diehl and David Osumi-Sutherland},
journal= {arXiv preprint arXiv:2506.10037},
year = {2026}
}
备注
48 pages, 8 Figures