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利用 Voronoi 图检验析取假设及其在遗传学中的应用

统计方法学 2014-08-01 v2

摘要

当所研究的每个基因或位点关联多个 pp-值,且每个 pp-值均具有独立的关注意义时,检验析取假设是恰当的。这种情况可能发生在对潜在过程的多个方面进行测量时。例如,癌症研究人员可能希望检测那些在转录组水平上差异表达并显示出拷贝数畸变证据的基因。目前用于此场景的 pp-值组合方法过于保守,导致检测功效极低。在本文中,我们引入了一种利用二维 pp-值向量的 Voronoi 图累积面积来检验析取假设的方法。即使在具有挑战性的情况下,我们的方法相较于现有方法也提供了显著更高的功效,同时保持了适当的误差控制。我们将该方法应用于两项已发表研究的数据:第一项旨在检测裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)的周期性基因,第二项旨在识别与前列腺癌相关的基因。

关键词

引用

@article{arxiv.1312.5782,
  title  = {Testing the disjunction hypothesis using Voronoi diagrams with applications to genetics},
  author = {Daisy Phillips and Debashis Ghosh},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1312.5782},
  year   = {2014}
}

备注

Published in at http://dx.doi.org/10.1214/13-AOAS707 the Annals of Applied Statistics (http://www.imstat.org/aoas/) by the Institute of Mathematical Statistics (http://www.imstat.org)