TAPIR 利用位点特异性替换模型实现系统发育信息量的高通量估计与比较
种群与进化
2012-02-07 v1 基因组学
摘要
大规模并行 DNA 测序技术正通过指数级增加系统发育有用位点的发现，迅速改变系统发育研究设计的动态。系统发育标记数量的增加可能为研究人员提供机会，使其能够基于不同时间尺度上的客观性能度量，选择最能解决特定系统发育假设的位点子集。研究人员也可能希望确定特定系统发育标记相对于彼此的效力。然而，目前可用的工具旨在评估少量标记，并不适合筛选基因组中数百或数千个候选位点。TAPIR 是 Townsend 系统发育信息量 (PI) 估计的一种替代实现，当应用于包含数百至数千个候选系统发育信息位点的数据集时，能够实现 PI 的快速估计和汇总。
引用
@article{arxiv.1202.1215,
title = {TAPIR enables high-throughput estimation and comparison of phylogenetic informativeness using locus-specific substitution models},
author = {Brant C. Faircloth and Jonathan Chang and Michael E. Alfaro},
journal= {arXiv preprint arXiv:1202.1215},
year = {2012}
}
备注
13 pages, 1 figure, 1 supplementary table, 3 supplementary figures