基于同步辐射的亚微米体素全小鼠脑断层成像：用太字节数据增强交互式脑图谱
医学物理
2026-03-12 v3
摘要
基于同步辐射的X射线显微断层成像特别适用于小鼠脑等器官的死后三维可视化。以各向同性的细胞分辨率对整个小鼠脑进行断层成像需要扩展视场，并产生数太字节大小的数据集。这些数据必须经过处理，并可供可能只有有限图像处理知识的领域专家访问。我们展示了体素大小为0.65微米、覆盖整个小鼠脑的扩展视场X射线显微断层成像。通过拼接8×8偏移采集的4,495张投影，重建出15,000³体素的体积。基于图像强度和标志点对的组合，将显微断层成像体积非刚性配准到艾伦小鼠脑共同坐标框架v3。数据按块变换后存储于公共存储库中，采用分层格式，便于在Neuroglancer或siibra-explorer等在线查看器中导航并与解剖注释叠加。本研究展示了全小鼠脑的X射线成像和数据处理，通过将第三维分辨率提高一个数量级来增强当前图谱。该3.3太体素数据集已公开，领域专家可通过基于浏览器的查看器轻松访问。
引用
@article{arxiv.2405.13971,
title = {Synchrotron radiation-based tomography of an entire mouse brain with sub-micron voxels: augmenting interactive brain atlases with terabyte data},
author = {Mattia Humbel and Christine Tanner and Marta Girona Alarcón and Georg Schulz and Timm Weitkamp and Mario Scheel and Vartan Kurtcuoglu and Bert Müller and Griffin Rodgers},
journal= {arXiv preprint arXiv:2405.13971},
year = {2026}
}
备注
13 pages, 6 figures, submitted to journal