基于基因表达数据在秀丽隐杆线虫化学突触神经元连接组网络中预测突触极性与符号平衡
分子网络
2021-01-18 v2 基因组学
神经元与认知
摘要
由于数据不足，神经系统的图论分析通常忽略连接极性这一方面。秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis elegans）的化学突触网络是一个重建良好的有向网络，但其连接的符号尚待阐明。在此，我们基于基因表达预测了C. elegans的离子型化学突触连接组（共3,638个连接与20,589个突触）的符号，整合了三种主要神经递质系统中可用的突触前神经递质与突触后受体基因表达数据。我们对其中超过三分之二的化学突触进行了预测，观察到兴奋-抑制（E:I）比接近4:1，这与许多真实世界网络中观察到的结果相似。我们的开源工具（http://EleganSign.linkgroup.hu）通过整合神经元连接组与基因表达数据来预测极性，简单而高效。
引用
@article{arxiv.2101.05177,
title = {Synaptic polarity and sign-balance prediction using gene expression data in the Caenorhabditis elegans chemical synapse neuronal connectome network},
author = {Bank G. Fenyves and Gabor S. Szilagyi and Zsolt Vassy and Csaba Soti and Peter Csermely},
journal= {arXiv preprint arXiv:2101.05177},
year = {2021}
}
备注
19 pages, 5 figues