病毒基因组中热力学预测的RNA二级结构的统计性质
定量方法
2010-12-08 v1 基因组学
摘要
通过对1212个完整病毒基因组的1832个片段进行全面研究，我们证明在病毒基因组中，热力学预测的RNA二级结构中的发夹结构比简单随机零假设下的预期更为丰富。在分类为dsDNA、dsRNA、ssDNA和ssRNA的四组病毒中，RNA二级结构的检测到的发夹结构同时存在于编码区和非编码区。对于所有组，RNA二级结构的发夹结构在非编码区而非编码区中被检测到的频率高于随机零假设的预期。然而，dsDNA组的编码区中也可能存在RNA二级结构。实际上，我们在一大类完整基因组dsDNA疱疹病毒的保守编码区和非编码区中检测到了进化保守的RNA二级结构。
引用
@article{arxiv.0803.2608,
title = {Statistical properties of thermodynamically predicted RNA secondary structures in viral genomes},
author = {Marco Spanò and Fabrizio Lillo and Salvatore Miccichè and Rosario N. Mantegna},
journal= {arXiv preprint arXiv:0803.2608},
year = {2010}
}
备注
9 pages, 2 figures