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与 Lambda-合并过程相关的位点频率谱的统计性质

种群与进化 2013-08-27 v2

摘要

我们研究与 Lambda-合并过程 (Lambda-coalescents) 相关的位点频率谱的统计性质。特别是,我们推导了该谱的期望值、方差和协方差的递归关系,扩展了 Fu (1995) 关于经典 Kingman 合并过程的早期结果。我们的重点是为那些因数据量过大而无法使用完全似然方法的数据集,估计由某些 Lambda-合并过程引入的合并参数。我们获得的期望值递归可用于找到与观测频率谱最佳拟合的参数值。期望值还用于近似衍生突变在支撑给定数量叶子(DNA 序列)的分支上产生的概率,使我们能够应用伪似然推断来估计与某些 Lambda 合并过程子类相关的合并参数。我们在模拟数据以及高繁殖力大西洋鳕 (\emph{Gadus morhua}) 的真实线粒体 DNA 数据集上调查了伪似然方法的性质。我们对两类 Lambda 合并过程的结果表明,即使对于中等样本量,也可以将这些子类与 Kingman 合并过程区分开来,以及在 Lambda 子类之间进行区分。

关键词

引用

@article{arxiv.1305.6043,
  title  = {Statistical properties of the site-frequency spectrum associated with Lambda-coalescents},
  author = {Matthias Birkner and Jochen Blath and Bjarki Eldon},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1305.6043},
  year   = {2013}
}

备注

45 pages, 14 figures, 4 tables, Appendix, supporting information