物种、聚类与“生命之树”：图论视角
种群与进化
2009-08-21 v1
摘要
描述物种间相互关系的层级结构一直是系统生物学的基本概念，从林奈分类法到近期对“生命之树”的探索皆是如此。本文采用基于离散数学的方法来探讨一个基本问题：能否仅通过描述现存个体间连续血统祖先关系的“谱系”，来界定自然界中的这种层级结构？我们描述了若干数学上精确的方法，通过这些方法，可以仅基于描述这些个体祖先关系的有向图，自然地定义现存个体的子集集合，使得这些子集嵌套（从而形成一棵树）。我们还探讨了这些构造与相关聚类构造之间的关系。
引用
@article{arxiv.0908.2885,
title = {Species, Clusters and the 'Tree of Life': A graph-theoretic perspective},
author = {Andreas Dress and Vincent Moulton and Mike Steel and Taoyang Wu},
journal= {arXiv preprint arXiv:0908.2885},
year = {2009}
}
备注
19 pages, 4 figures