用于网络富集分析的广义最大权连通子图问题求解
数据结构与算法
2016-05-10 v1
摘要
网络富集分析方法能够识别活跃模块，而不偏向于先验定义的路径。此类分析的一种数学表述是归约为最大权连通子图问题。特别地，在代谢网络分析中，节点和边均被评分的广义最大权连通子图(GMWCS)问题自然出现。在此，我们提出了据我们所知第一个实用的精确GMWCS求解器。我们已在真实实例上测试了它，并与类似求解器比较。首先，结果表明在节点加权实例上GMWCS求解器与该问题的最佳求解器性能相似。其次，在带边权重的GMWCS实例上运行时，GMWCS求解器比最接近的同类更快。
引用
@article{arxiv.1605.02168,
title = {Solving generalized maximum-weight connected subgraph problem for network enrichment analysis},
author = {Alexander A. Loboda and Maxim N. Artyomov and Alexey A. Sergushichev},
journal= {arXiv preprint arXiv:1605.02168},
year = {2016}
}