溶剂粗粒化与弦方法应用于水合链的疏水坍缩
统计力学
2011-07-27 v1
摘要
利用超过100,000个原子的计算机模拟，我们获得了理想化水合链疏水坍缩的机制。这是通过将原子级水分子位置粗粒化为代表水密度场的129,000个集体变量，然后在这些变量中使用弦方法计算坍缩链的最小自由能路径(MFEP)来实现的。MFEP的动力学相关性(即其与坍缩机制的一致性)通过常规分子动力学轨迹事后验证。对MFEP的分析为ten Wolde和Chandler提出的疏水坍缩机制提供了原子级确认。特别是，研究表明，依赖于长度尺度的疏水去湿是所考虑链疏水坍缩中的限速步骤。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0702407,
title = {Solvent coarse-graining and the string method applied to the hydrophobic collapse of a hydrated chain},
author = {Thomas F. Miller and Eric Vanden-Eijnden and David Chandler},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0702407},
year = {2011}
}
备注
11 pages, 7 figures, including supporting information