阿尔茨海默症与2型糖尿病的共享因果路径
分子网络
2019-01-18 v1
摘要
背景：尽管阿尔茨海默病（AD）是中枢神经系统疾病，2型糖尿病（T2DM）是代谢性疾病，越来越多的遗传流行病学研究显示出AD与T2DM之间的明确联系。当前揭示AD与T2DM共享通路的方法涉及关联分析；然而，此类分析缺乏发现疾病机制的能力。方法：我们开发了新颖的统计方法，将当前的遗传分析范式从关联分析转向深度因果推断，以揭示AD与T2DM之间的共享机制，并开发了推断多层次组学因果网络的流程，从而将当前的遗传分析范式从单独的遗传分析转向整合的因果基因组、表观基因组、转录组和表型数据分析。为发现从遗传变异到AD和T2DM的共有因果路径，我们还开发了能够自动搜索从遗传变异到疾病的因果路径的算法。结果：所提出的方法和算法应用于ROSMAP数据集，该数据集包含432名同时具有基因型、RNA-seq、DNA甲基化和部分表型的个体。我们构建了多组学因果网络，识别出13个共享因果基因、16条AD与T2DM之间的共享因果通路，以及754个基因表达节点和101个基因甲基化节点，这些节点在多组学因果网络中与AD和T2DM均相连。结论：将所提出的识别因果路径的流程应用于AD和T2DM真实数据分析的结果，提供了支持AD与T2DM联系的有力证据，并揭示了解释该联系的因果机制。
引用
@article{arxiv.1901.05537,
title = {Shared Causal Paths underlying Alzheimer's dementia and Type 2 Diabetes},
author = {Zixin Hu and Rong Jiao and Jiucun Wang and Panpan Wang and Yun Zhu and Jinying Zhao and Phil De Jager and David A Bennett and Li Jin and Momiao Xiong},
journal= {arXiv preprint arXiv:1901.05537},
year = {2019}
}
备注
53 pages